Lembaga Transportasi RI di urus oleh Kementerian Perhubungan RI ditingkat nasional, dan DInas Perhubungan di tingkat daerah.
Lembaga yang menaungi :

1. Darat:
- Direktorat Jenderal Pehubungan Darat (mengurusi kegiatan alat-alat transportasi publik, dan lalu lintas jalan raya)
- Direktorat Jenderal Kereta Api (mengurusi sarana da prasarana alur kereta api)
- PT. KAI (perusahaan yang mengoprasionalkan Jasa Kereta Api)

2. Laut:
- Direktorat Jenderal Perhubungan Laut (mengurusi kegiatan alat-alat transportasi di wilayah perairan)
- PT. ASDP (perusahaan yang mengurusi jasa pelabuhan dan kapal seberang)
- PT. PELNI (perusahaan yang mengurusi pelayaran indonesia)
- PT. FERRY (penyedi jasa kapal ferry)

3. Udara:
- Direktorat jenderal Perhubungan Udara (mengurusi kegiatan alat-alat transportasi udara)
- PT. Angkasa Pura (perusahaan yg mengoperasikan bandara sbg prasarana pesawat)
- PT. Garuda Indonesia (penyedia jasa penerbangan)